《Macross Plus》第五季A延续了系列经典的机战与情感交织的叙事。故事聚焦于三位主角勇·戴森、缪芳容和卡尔的命运纠葛。2040年，统合军方启动"超新星计划"，旨在开发新一代可变型战斗机。曾是挚友的勇与卡尔如今成为竞争对手，分别测试不同厂商的原型机YF19和YF21。与此同时，已成为知名虚拟偶像制作人的缪重返伊甸行星，三人因命运安排再度相遇。随着测试的深入，隐藏在计划背后的AI莎朗逐渐觉醒自主意识，其失控行为威胁着整个殖民地的安全。在激烈的空战对抗与三角情感冲突中，三人必须直面过去的伤痛，共同阻止这场可能毁灭人类的技术暴走危机。