在魔法成为人类最大威胁的世界里，对魔导学园培养着专门对抗魔导灾害的异端审问官。主角草薙哮是学园中的异类，他拒绝使用现代枪械，坚持用传统武士刀战斗。作为第35试验小队的队长，他带领着被嘲为"杂鱼小队"的队员们执行各种危险任务。这支小队由性格迥异的成员组成：擅长狙击的傲娇少女凤樱花、拥有预知能力的温柔学姐西园寺兔，以及神秘的黑魔术使用者杉波斑鸠。他们不仅要面对外部魔导势力的威胁，还要解开学园内部隐藏的黑暗秘密。随着剧情发展，哮逐渐发现自己体内沉睡的"噬魔圣物"力量，而小队成员们各自背负的过去也一一浮出水面。在魔法与科技交织的世界里，这支被轻视的小队将改写对魔导战争的规则。