《999刑事专业律师第二季》讲述了专攻刑事案件的律师深山大翔继续以其独特的方式追查案件真相的故事。在日本的刑事案件中，有罪率高达99.9%，但深山坚信那0.1%的可能性，执着于寻找被掩盖的真相。某天，他受邀加入斑目律师事务所新成立的刑事专门办公室，与商务律师佐田笃弘和热爱摔角的女性律师立花彩乃成为同事。尽管三人的办案风格截然不同，但每当深山抓住那微乎其微的关键线索时，他们都会全力以赴，不惜一切代价揭开事实的真相。第二季中，前任法官尾崎舞子也加入团队，与深山等人共同面对各种复杂案件，挑战司法系统的固有观念，为无辜者伸张正义。