在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“深渊”深不见底，栖息着奇异的生物和沉睡着人类无法制造的贵重遗物。住在深渊边缘城镇奥斯的孤儿莉可，梦想着成为像母亲一样的伟大探窟家。某天，她在深渊浅层捡到了一个形似人类的机器人雷格。为了寻找雷格的身世和母亲留下的线索，莉可与雷格以及后来遇到的娜娜奇一起向深渊深处进发。他们遭遇了深渊的残酷法则和神秘生物，也逐渐揭开了深渊不为人知的秘密。随着冒险的深入，他们遇到了自称“黎明卿”的波多尔多和他创造的普鲁修卡，展开了一段关于生命与牺牲的深刻旅程。