《扫黑重案组》讲述了刑警队长程东带领重案组调查一起带有黑社会性质的敲诈案的故事。案件始于全市最大商场统一百货报案，声称有人敲诈公司老总陈金堂，并以炸毁百货大楼相要挟。随着调查深入，程东发现此案与盲女绑架案、市长助理被杀案、高速公路收费员被杀案有着千丝万缕的联系。犯罪分子手法干净利落，手段残忍，种种迹象表明背后有一个黑社会集团在周密操控。就在重案组即将揭开真相之际，程东因涉嫌奸杀三陪小姐而入狱，刑侦局长也被勒令休假。人性受到考验，善恶难辨，黑白的界限变得模糊。面对重重困境，重案组能否坚持正义，最终揭开真相？