《无限系统树》讲述了2043年，一款名为《Infinite Dendrogram》的革命性VRMMO游戏横空出世。这款游戏搭载了独特的“胚胎”系统，能够根据玩家个性生成无限可能的进化方向，实现了以往技术无法突破的玩法。高考结束后的青年椋鸟玲二独自来到东京生活，在兄长推荐下开始接触这款席卷全球的游戏。随着椋鸟逐步探索这个虚拟世界，他不仅要面对千奇百怪的玩家与NPC，更逐渐发现游戏背后隐藏着超越现实的秘密——某些游戏中的事件竟能影响到现实世界。当椋鸟与同伴们深入游戏核心时，他们将揭开《Infinite Dendrogram》作为“第二世界”的真正面目。