《仁者黄飞鸿》讲述了黄飞鸿（张卫健饰）这位善良勇敢、正直有为的青年在广东的故事。黄飞鸿的名声在当地无人不晓，心怀嫉恨的武馆馆主洪霸找来高手仇千丈（施行宇饰），企图在醒狮大会上挫败黄飞鸿。然而，黄飞鸿与好友林世荣（林子聪饰）、梁宽（郑晓东饰）、牙擦苏（张嘉伦饰）识破了洪霸的阴谋，最终击败了仇千丈。洪霸迁怒于仇千丈，将其重病的家人赶走，黄飞鸿好心接济，但因病情过重，家人不幸离世。仇千丈误以为黄飞鸿害死家人，两人结下深仇。随后，黄飞鸿随父亲前往香港开设宝芝林分店，结识了美丽的日本姑娘武田静香（小王晶饰），两人的感情因身份差异而面临重重考验。故事展现了黄飞鸿的仁义与坚韧，以及他在爱情与江湖恩怨中的抉择。