《结界师》讲述了墨村良守作为结界师一族继承人的成长故事。身为小学生的良守被迫接受严格的结界术训练，因其身上显现了代表正统继承人的方印。他与青梅竹马的雪村时音——另一结界师家族的传人，共同承担着守护神秘之地"乌森"的任务。乌森拥有吸引妖怪的力量，能使妖怪急速进化变强。在一次任务中，时音为保护良守身受重伤，此事促使良守决心变得更强大。随着剧情发展，两人不仅要对抗日益强大的妖怪，还要面对两个结界师家族间的历史恩怨，以及隐藏在乌森背后的更大秘密。故事融合了热血战斗、友情羁绊与奇幻元素，展现了少年们在责任与成长中的挣扎与蜕变。