《公元》講述電腦專家Greg（呂良偉飾）在2000年來臨之際突然遇害，其弟Peter（郭富城飾）也被牽連其中。事件涉及香港政治部、CIA、新加坡特工以及一名自稱是Greg未婚妻的神秘女子金子（郭妃麗飾），敵友難辨。Peter逐漸發現這背後隱藏著一個驚天陰謀，而自己也陷入絕境。Peter從小失去雙親，在哥哥的庇佑下長大，生活無憂無慮，但哥哥的死讓他不得不面對現實。隨著調查深入，Peter發現Greg曾參與戰略軟件炸彈的程序編寫，這引起了美加政府間的矛盾以及香港政府的不信任。Peter必須在各方勢力的夾擊下揭開真相，並為哥哥討回公道。