在《神秘博士》第三季中，第十任博士（大卫·田纳特饰）与新搭档玛莎·琼斯展开了一系列跨越时空的冒险。他们遭遇了会石化人类的天使雕像，被困在1969年的月球基地；与莎士比亚联手对抗外星女巫；还发现了潜伏在地球的宿敌Master（约翰·西姆饰）。Master伪装成英国首相哈罗德·萨克森，通过诡计将博士衰老囚禁，并利用外星科技奴役全人类。玛莎独自游走全球一年，最终集结反抗力量。在终极对决中，博士逆转时间裂缝，但代价是Master看似死亡，而心碎的博士不得不与玛莎告别。本季以博士在孤独中凝望星空的经典场景作结，为后续故事埋下伏笔。