《SPEC：零》讲述了FBI学成归来的当麻纱绫（户田惠梨香饰）加入警视厅公安部未详事件特别对策系，与组长野野村光太郎共同调查一系列离奇命案。案件中的石油企业高管均死于心脏被徒手捏碎，指向神秘的SPEC超能力者。与此同时，石油大亨Diablo（大杉涟饰）雇佣拥有瞬间移动能力的少年一十一（神木隆之介饰）对抗暗杀者。当麻在追查中发现一十一竟是杀害她父母的仇人"爆弹女"，更目睹好友Nancy惨遭毒手。这场超能力者之间的对决，揭开了影响世界命运的SPEC战争序幕，也为当麻与濑文焚流（加濑亮饰）的相遇埋下伏笔。