《鹊刀门传奇第二季》讲述了西门长海大难未死，康复后重返定远盟，继续肩负起保卫疆土、抗击倭寇的重任。其兄西门长在在鹊刀门渐入掌门角色，偶尔沉浸于大侠的幻想中。倭寇势力未因挫败收敛，轮番登场，企图从西门长海口中探得其他势力的情报。意图起兵造反的锦芦王，偶遇伪装成算命先生的高大毛，误将其视为高人，诚邀其出山。王公公自京城查抄曹家，发现曹公公的侄子曹东东，曹东东用宝藏之名骗取王公公信任，得以活命。各方势力集聚辽东，鹊刀门卷入新一轮血雨腥风。长海与长在两兄弟携手众弟子，并肩作战抵御外敌，最终合力歼灭倭寇及锦芦王等敌对势力，为辽东带来和平与安宁。