《案发现场第二季》延续硬核刑侦风格，以市刑警队长郭子健（张子健饰）为核心展开系列悬案侦破。开篇豪华别墅区发生新婚女子何小雨被害案，现场无财物丢失与打斗痕迹，唯留染血刀具。其丈夫五友安因激烈争吵且无法提供不在场证明成为重点嫌疑人。随着法医报告揭露死者曾接受变性手术，案件转向复杂。调查组深入挖掘发现小雨与整形医院主刀医生存在隐秘纠葛，而别墅监控中闪现的神秘黑影将真相引向案发前夜的医疗纠纷。与此同时，技术员刘婉婷通过死者手机数据还原出被删除的勒索信息，刑警黎涛则从凶器握柄检测出第三人DNA。当侦破陷入僵局时，法医金鑫的关键验尸报告指出致命伤角度异常，真凶身份令所有人震惊……本季通过七个独立单元案件，交织出医疗黑幕、网络诈骗与豪门恩怨等多重犯罪网络，警队成员各自心结也在破案过程中逐渐解开。