距离东京三百公里外的凤凰岛上，发生了一起人员被马匹踩踏而死的事件。杉下右京的老搭档神户尊突然出现，告知这座私人小岛正被一个有自卫队背景的民兵组织用作训练基地，且该组织涉嫌制造生化武器。神户受警察厅次长甲斐峰秋指派，命令杉下与其搭档甲斐享以调查命案的名义前往凤凰岛，暗中侦查生化武器的证据。在民兵组织负责人神室司的引导下，杉下和甲斐来到事故现场，杉下逐渐察觉到这起意外背后存在人为因素。随着调查深入，杉下和随后赶来的伊丹等人逐渐逼近真相，然而心怀鬼胎的政要却突然下令自卫队对他们采取行动，局势变得愈发紧张。