《名侦探柯南：通往天国的倒计时》讲述了柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太在露营结束后，顺道参观位于西多摩市的日本第一双塔摩天大楼。毛利小五郎受邀参加大楼所有者常盘美绪的开幕典礼，小兰和园子也一同前往。美绪介绍了画家如月峰水、市议员大木岩松、设计师风间英彦和程序员原等人。期间，灰原的举动异常，引发柯南的注意。随后，大木提前入住大楼被害，程序员原也惨遭杀害，现场均留下类似日本画作画时使用的小酒杯碎片。柯南联想到灰原曾效力的黑暗组织，并发现灰原正被人追踪。在开幕酒会上，美绪展示如月最宝贵的富士山画作时被杀，死状与双塔的缩影图相似。随后，大楼发生爆炸，柯南等人陷入火海，必须迅速逃生。在逃亡过程中，柯南逐渐揭开真相，并设法保护同伴安全。