《霹雳神州III之天罪》延续了前作的宏大叙事，讲述了神州支柱存亡危机的故事。万血邪录开启，神州支柱成为各方势力争夺的焦点。明圣天书、侠道追溯、魔宝大典三本天书，分别关系着另外三根神柱的关键位置。魔界大军、中原正道、识界人马三方势力为争夺这三本天书展开了激烈的斗争。魔界之主银锽朱武在第一根神柱被摧毁后，意识到神州破坏的严重性，决定采取行动。与此同时，中原正道领袖素还真与东瀛军神源武藏的对抗也进入白热化阶段。东瀛方面，军神源武藏在与百世经纶一页书的对决中败北，最终辞去军神职务，与莫召奴和渊姬一同退隐。然而，军神的隐退却引发了东瀛内部的新一轮动荡，拳皇长曾我部神权与剑圣柳生剑影为寻找军神而展开行动。最终，东瀛天皇下令举办比武大会，重新选出新任军神，以应对局势变化。故事在各方势力的角逐中逐步推进，展现了神州大陆的危机与希望。