阳光明媚的一天，东都体育场正进行一场东京 Spirit 和大阪钢巴的精彩足球比赛，江户川柯南、灰原哀、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。与此同时，毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话，声称要在城市中进行恐怖袭击。随后，路上的汽车在毛利小五郎的眼前爆炸，现场一片混乱。犯人寄来了一封挑战书，内含谜之暗号：“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”若无法解读此暗号，将无法阻止接下来的爆炸事件。小五郎和毛利兰在米花市内四处奔走，却始终找不到破解暗号的方法。另一方面，柯南与灰原等人也在努力寻找线索。经过一番推理，柯南终于解开暗号，成功阻止了犯人的计划，拯救了无数人的生命。然而，犯人的真实身份仍未揭晓，警方和毛利一方锁定了数名嫌疑人，展开了紧张的调查。与此同时，躲在暗处的犯人继续策划新一轮的袭击，一场前所未有的对决即将展开。