在《游戏王5D's》第三季中，新童实野市迎来了新的和平时期。随着卫星区与都市区的桥梁"代达洛斯桥"建成，两个区域之间的隔阂逐渐消除。城市中新建了大量骑乘决斗专用高速公路，并推出了升级版的"激速世界2"系统。然而平静之下暗流涌动，来自未来的神秘组织"伊利亚斯特尔"带着强大的"机皇帝"怪兽突然出现，企图毁灭新童实野市并改写历史。不动游星和他的伙伴们再次集结，为保护城市而战。随着战斗的深入，他们发现这场危机背后隐藏着更深的阴谋，而游星与红龙之间的羁绊也将面临新的考验。在激烈的骑乘决斗中，游星等人不仅要对抗强大的机皇帝，更要揭开伊利亚斯特尔组织的真实目的，守护两个区域来之不易的和平。