清末广州，黄飞鸿携十三姨与徒弟梁宽赴穗参加国际医学会议。抵埠后目睹白莲教徒以"扶清灭洋"之名肆意破坏，黄飞鸿深感愤慨。医学会议上，黄飞鸿结识革命领袖孙文及其同志陆皓东，被其救国理念所触动。随着调查深入，发现白莲教暴行背后实为广东提督纳兰元述操控，意图借邪教之手铲除革命势力。为破除民众迷信，黄飞鸿独闯白莲教总坛，揭穿教主九宫真人"刀枪不入"骗局。与此同时，纳兰元述率兵围剿革命党人，黄飞鸿为掩护孙文等人撤离，与纳兰元述展开殊死对决。影片通过黄飞鸿从传统武者到支持革命的思想转变，展现清末动荡时局下仁人志士寻求救国之路的壮烈历程。