《省港旗兵2》讲述了内地警方应港府要求，派遣向东、京生、郭学军三名警员以偷渡客身份潜入香港，打击日益猖獗的犯罪活动。在香港期间，他们由香港警署的程Sir直接领导，并得到本土探员大大的协助。三人混入内地犯罪集团，成功惩治了烂仔小兴，并击毙了江家四兄弟，展现了干练的行动力和凶狠的手段。然而，他们的作风并不为程Sir所认可，同时江家兄弟的死也引发了黑帮的复仇怒火，导致大大不幸丧生。随后，京生的战友阿虎邀请三人参与银行抢劫团伙的行动，三人表面上加入，实则暗中与警方合作，计划将抢劫团伙一网打尽。然而，行动前夜突生变故，局势变得更加复杂和危险。