《宝可梦:超梦的逆袭 进化》讲述了小智和他的同伴们在收集到关都地区八个道馆徽章后，突然收到了一封神秘的信件，邀请他们前往新岛的神奇宝贝城与“全世界最强的训练家”会面。出于好奇，他们毫不犹豫地前往目的地。然而，这其实是超梦设下的陷阱。超梦是由人类通过基因复制技术创造的宝可梦，拥有强大的力量，却因无法找到自我而陷入迷茫。为了报复人类，它决定召集世界各地的训练家，展开一场对决。与此同时，传说中的宝可梦梦幻也感知到了超梦的存在，并苏醒过来。最终，超梦与梦幻相遇，一场“本尊”与“分身”之间的激烈战斗即将展开，而小智和他的宝可梦们也在这场冲突中面临着巨大的挑战。