《星球大战2：克隆人的进攻》讲述了银河共和国在绝地武士战胜西斯学徒十年后再次面临危机的故事。前绝地武士杜库伯爵鼓动数千星系与共和国决裂，并筹建大批机器人军队为政变做准备。纳布星的阿米达拉结束女王任期后以议员身份抵达考路斯坎星，决意为组建共和军队投出关键一票。欧比旺·克诺比携长大的阿纳金奉命保护阿米达拉的安全。在阿纳金护送阿米达拉返回纳布星避难的途中，二人情愫暗生，决定共同前往塔图因星寻找阿纳金之母。与此同时，欧比旺追查刺客行迹一路深入吉诺西斯星，发现了杜库伯爵的阴谋，自己却深陷囹圄，危在旦夕。阿纳金与阿米达拉随后前往救援，最终与欧比旺会合，共同对抗杜库伯爵的阴谋，揭开了克隆人战争的序幕。