故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中。与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在八丈岛附近失踪，可能与黑衣组织有关。柯南决定暗中调查，并与灰原哀一同潜入“太平洋浮标”设施。在调查过程中，他们发现黑衣组织正试图利用这项新技术进行一项秘密计划。柯南与灰原哀联手，试图阻止黑衣组织的阴谋，然而敌人实力强大，危机四伏。随着真相逐渐浮出水面，柯南必须面对黑衣组织的核心成员，展开一场惊心动魄的对决。