《神医侠侣》讲述了西汉初年吕后专权时期的宫廷斗争与爱情纠葛。汉高祖刘邦驾崩后，吕后（刘雪华饰）大权独揽，刘氏宗族惨遭屠戮。锦衣卫首领刘宣（赵文卓饰）被迫为吕后效力，对同族亲眷痛下杀手。他与兄长刘湘（孙岩饰）同时爱上了吕后的侄女琴子（高圆圆饰），而刘宣又与医女缇莹（贾静雯饰）产生了深厚的感情。在复杂的权力斗争中，刘宣逐渐意识到吕后的残暴，决心反抗她的统治，保护刘氏宗亲。他与缇莹携手对抗吕后，经历了重重艰险，最终揭开了宫廷阴谋的真相。与此同时，刘宣与琴子、缇莹之间的感情纠葛也贯穿始终，展现了爱恨交织的复杂人性。