《绀碧之棺》是名侦探柯南剧场版的第十一部作品。故事发生在太平洋上的美丽小岛“神海岛”，岛上流传着关于海底古代遗迹“海底宫殿”和300年前两位女海盗遗留宝藏的传说。柯南、小五郎等人来到岛上度假，小兰和园子在潜水时意外遇到一群寻宝猎人，其中一人突然被鲨鱼攻击身亡。柯南发现猎人之死与宝藏传说有关，并与灰原展开调查。在寻找线索的过程中，柯南发现神秘名词“Jolly Roger”，认为这是关键。然而，猎人突然现身并夺走宝藏，小兰和园子陷入危险。柯南决心解开“海底宫殿”的秘密，揭示300年前的暗号，拯救同伴并揭开真相。