在晨雾弥漫的京都舞鹤湾，发现了一艘可疑的船只。船上残留的数据和零件显示，这些物品并非日本本土所有，这一消息引发了全国的紧张情绪。与此同时，传奇大盗鲁邦三世和他的伙伴次元大介、石川五卫门来到东京，以怪盗基德的名义向日本警察和柯南发起挑战。鲁邦高调发出预告书，声称要盗取某银行内的稀世珍宝樱桃蓝宝石。国际刑警组织的鲁邦三世专门搜查官钱形幸一警部与日本警视厅的目暮警官联手，决心阻止鲁邦的行动。与此同时，意大利偶像歌手艾米里翁·瓦力迪赴日举办演唱会，却收到了威胁杀害他的恐吓信。在人声鼎沸的演唱会会场，一场史无前例的对决即将拉开序幕。