《假面骑士创骑新世界假面骑士克罗兹日配》的故事发生在战兔创造新世界之后，除了战兔和龙我，所有人都失去了关于假面骑士、天空之壁等事件的记忆。然而，某天一块白色的潘多拉金属板中突然出现了一个未知的外星生命体。这个外星生命体利用龙我恢复了潘多拉魔盒，并企图利用魔盒的力量毁灭整个宇宙。面对这一危机，拯救宇宙的重任竟落在了龙我和埃伯尔特的身上。两人必须联手，克服过去的恩怨，共同对抗这个强大的敌人，阻止宇宙的毁灭。故事分为序章、第二章和最终章，分别对应TV版第1话的3年前、第21话和第22话的背后故事，揭示了更多隐藏的真相和角色之间的复杂关系。