《日配善良医生》讲述了患有自闭症的天才外科医生新堂凑的故事。新堂凑虽然社交能力不足，但在医学领域却展现出非凡的才华。他加入东乡纪念医院的小儿外科，遇到了经验丰富的医生濑户夏美和严厉的主任高山诚司。新堂凑凭借其独特的视角和出色的手术技巧，一次次拯救了濒危的患儿，但也因性格问题屡次引发冲突。在医院内部，他不仅要面对复杂的医患关系，还要应对来自同僚的质疑和误解。随着时间的推移，新堂凑逐渐赢得了同事们的信任，并在医疗团队中找到了自己的位置。与此同时，他也开始尝试克服自身的社交障碍，努力融入社会。故事通过新堂凑的成长，展现了医者仁心与人性温暖。