《闪电十一人最强军团王牙来袭》讲述了雷门中学足球队遭遇来自未来的神秘强敌"王牙军团"的故事。当圆堂守带领队员们进行日常训练时，一支自称来自未来的足球队突然出现，他们拥有超越时代的足球技术和装备。王牙军团的目的竟是改变历史，抹杀现代足球的根基。面对前所未有的危机，圆堂与豪炎寺修也、鬼道有人等队友必须突破极限，开发出新的必杀技"极限闪电爆破"。在激烈对决中，风丸一郎太和壁山塀吾郎等队员也展现出惊人成长。最终雷门十一人以团结和信念击败强敌，守护了足球的未来。剧场版首次采用2D与3D双版本上映，并与NDS游戏《闪电十一人3 挑战世界!! 王牙版》联动，带来全新体验。