野原新之助某天突然遇见自称来自未来都市“Neo Tokio”的神秘少女多美子，她声称自己是小新未来的新娘。多美子透露未来的小新被“Neo Tokio”统治者金有增藏绑架，急需5岁的小新前往未来营救。两人乘坐时光机抵达未来都市后，发现成年后的小新已失踪多时。在寻找过程中，他们不断遭遇金有增藏派出的刺客追击。面对重重危机，小新发挥出人意料的机智与勇气，与多美子携手对抗邪恶势力。这场跨越时空的冒险不仅关乎未来小新的命运，更决定着“Neo Tokio”能否恢复光明美好的未来。随着剧情推进，小新与多美子之间萌生出真挚情感，而关于“未来新娘”的预言也迎来了意想不到的发展。