在魔法与科技交织的世界里，10岁天才魔法教师涅吉·史普林菲尔德带领麻帆良学园的学生们迎来最终决战。当黑暗魔法组织企图撕裂两个世界的屏障时，涅吉与明日菜、相坂小夜等学生组成特别小队。面对昔日同伴黑化倒戈的残酷现实，涅吉不得不在拯救世界与守护学生之间做出抉择。随着古都京都的魔法结界崩溃，学生们各自觉醒特殊能力：朝仓和美操纵情报网络，绫濑夕映解开古代封印，柿崎美砂激活机甲武装。在月球背面的最终战场上，涅吉以损耗生命为代价发动禁忌魔法「千之雷」，而明日菜体内沉睡的始祖血脉终于觉醒。当魔法阵光芒吞没天际时，师生羁绊化作撕裂黑暗的利刃，为这场跨越次元的战争画上震撼句点。