公元2203年，星系中心突发维度断层灾难，神秘的水生行星"水瓶座"从超空间浮现，吞噬了丁吉尔星。古代进临危受命担任大和号舰长展开调查，途中救下一名丁吉尔少年。返航途中遭遇丁吉尔舰队袭击，自动驾驶系统将重伤的大和号带回地球。地球联邦发现水瓶座正逼近太阳系，而丁吉尔领袖鲁加尔二世企图淹没地球作为新家园。在舰队全军覆没的绝境下，已辞职的古代进听到已故冲田舰长的呼唤重返大和号。启航当日，军方突然宣布由"复活"的冲田十三继续执掌舰桥。随着脑死亡诊断被推翻，这艘承载人类最后希望的传奇战舰再度起航，在冲田舰长指挥下迎战灭世危机。