《云之彼端约定的地方》讲述了一个发生在战后分裂的日本的故事。日本被分为南北两部分，美军统治的青森县与北海道联盟之间矗立着一座神秘的巨塔。少年藤泽浩纪和白川拓都都暗恋着同班同学泽渡佐由理，三人共同向往着那座塔，并约定建造小型飞机飞向塔顶一探究竟。然而，中学三年级时佐由理转学到东京，浩纪和拓也放弃了飞机制造计划，各自走上不同的道路。多年后，佐由理突然陷入沉睡，这种病症与塔的神秘力量有关。此时，塔成为南北战争的焦点。浩纪、拓也和佐由理再次聚首，面对拯救佐由理还是拯救世界的抉择。命运的答案似乎就在他们曾经约定的地方——云之彼端。