幕府末年，社會動盪，百姓生活困苦。少年心太因善良純潔之心感動劍術高手比古清十郎，被收為弟子並改名為劍心。年輕的劍心懷抱改變時代的夢想下山，加入奇兵隊，並成為桂小五郎麾下的拔刀齋，以殺手的身份為時代變革效力。然而，劍心在執行任務時，誤殺了雪代巴的未婚夫清里明良。巴為了復仇接近劍心，卻在相處中逐漸被他的善良與孤獨所打動。兩人的情感日漸深厚，但命運卻不允許他們平靜相守。最終，巴為保護劍心而犧牲，臨終前留下十字傷疤，成為劍心永恆的悔恨與覺醒的契機。這段刻骨銘心的經歷讓劍心決心改變，放下殺戮，成為守護他人的浪客。