《科学小飞侠特番》讲述了五名身着高科技战斗服的少年英雄，在霓虹都市中对抗机械兽入侵的日常。某次任务中，团队发现敌方组织暗中将纳米病毒植入其中一名成员体内，而解除代码竟隐藏在下次袭击的目标地点。随着危机升级，成员间的信任开始动摇，医疗舱内不断闪烁的警报声与城市上空的机械阴影交织，迫使他们在拯救同伴与守护城市间做出抉择。当团队分头行动时，被感染的成员独自潜入敌巢，却意外触发了更庞大的阴谋——原来病毒只是唤醒远古兵器的钥匙。最终五人在数据洪流中重新集结，以牺牲部分战甲能量为代价，用共鸣频率同时摧毁病毒核心与兵器启动装置。硝烟散去时，他们发现最初植入病毒的叛徒，竟是当年第一次组队作战时救下的市民。