《精灵宝可梦超世代》讲述了真新镇少年小智为了成为最厉害的宝可梦大师，踏上了修行之旅。由于迟到，他只能领走一只性格孤僻的皮卡丘作为初始宝可梦。皮卡丘虽然可爱，但脾气暴躁，常常电击小智，两人一开始相处并不顺利。大木博士送给小智宝可梦图鉴和精灵球，助他踏上冒险之路。小智和皮卡丘在旅途中结识了新伙伴小遥和小刚，他们一同前往芳缘地区挑战道馆，参加丰缘联盟大赛。丰缘联盟结束后，小智回到关都地区，挑战新设立的对战开拓区，而小遥则立志成为协调训练家，参加宝可梦华丽大赛。在冒险过程中，他们不仅面对强大的对手，还要应对火箭队的干扰，逐渐成长为优秀的训练家。故事充满了热血、友情和成长，展现了小智和伙伴们在宝可梦世界中不断突破自我的历程。