《名侦探柯南：绀碧之棺》讲述了江户川柯南与毛利小五郎等人前往太平洋上的美丽小岛“神海岛”度假的故事。这座岛屿流传着关于海底古代遗迹“海底宫殿”以及300年前两名女海盗遗留的宝藏传说。小兰和园子在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一群寻找宝物的猎人，其中一人突然遭鲨鱼攻击身亡。柯南怀疑猎人之死与宝藏传说有关，与灰原哀展开调查。他发现了一组神秘名词“Jolly Roger（海盗旗）”，但猎人突然现身并偷走了宝藏，小兰和园子落入猎人的魔掌。柯南决心解开“海底宫殿”的秘密，揭开300年前的暗号，拯救同伴并揭开真相。