公元1999年，一颗巨大的“流星”坠落到地球，实际上是一艘外星宇宙船。世界各国为了修复飞船并掩盖其坠落的事实，组成了地球统合政府，并将飞船改造成全长1200米的超大型战舰，命名为“马克罗斯”。十年后，马克罗斯举行下水典礼时，月球轨道附近突然出现大规模时空跳跃反应，马克罗斯的主炮自动发射，击中了外星舰队的观测舰，引发冲突。地球统合军被迫迎战，马克罗斯升空启航。青年一条辉意外驾驶战机卷入战斗，救下少女林明美，并与女军官早濑未沙相识。这场被称为“第一次宇宙大战”的人类与异星人的战争就此展开。同时，辉、明美与未沙之间的感情纠葛也逐渐影响了战事的发展，成为历史走向的关键。