故事发生在日本的元志元年，江湖险恶，人心动荡。为了复仇，个头矮小且父母双亡的少年市村铁之助以成为“鬼”为目标，渴望加入当时十分有威望的武士组织新撰组。在新撰组中，铁之助结识了外表温柔却剑术高超的一番组组长冲田总司，以及外表冷酷却心思缜密的副长土方岁三。组中各类有趣的人物让铁之助的生活变得丰富多彩，而柔弱的少女沙夜更是撩动了少年稚嫩的心弦。
在新撰组内，严明的纪律必不可少，有时甚至严苛到了违背人性的地步。铁之助目睹组员们与激进攘夷派进行不懈斗争，看着他们为了维护尊严宁可牺牲生命，内心深受触动。他暗下决心，要将武士道精神传承下去，并在这个充满纷争与矛盾的时代中找到自己的道路。