《攻壳机动队 SAC SSS 3D》讲述公元2030年，世界经历了四次大战后，科技飞速发展，人类义体化技术日益成熟，但犯罪行为也随之变得更加复杂和离奇。日本内务省直属的秘密特种部队——公安9课，在队长草薙素子的带领下，负责处理这些高科技犯罪的案件。公安9课成员包括巴特、荒卷大辅、塔奇克马等，他们面对的案件不仅仅是普通的犯罪，还涉及到权力政治斗争和高度复杂的科技阴谋。其中，以“笑脸男”为代表的“Stand Alone Complex”犯罪现象尤为棘手，这些犯罪者通过网络和义体技术制造出无法追踪的独立个体事件，给社会带来极大威胁。在一次次行动中，公安9课不仅要与犯罪分子斗智斗勇，还要面对内部与外部的重重压力，揭示隐藏在案件背后的真相。