《神枪少女ILTEATRINO》讲述了在现代意大利背景下，“社会福祉公社”表面上是一间收容重伤残障少女的福利机构，实际上却对这些少女进行义体改造和药物洗脑，将她们训练为对抗恐怖分子的杀手。这些少女被称为“神枪少女”，每位少女都配有一位辅佐官，被称为“fratello”，意为“兄妹”。尽管她们的身份是杀手，但她们对自己的辅佐官都有着深厚的信任和感情。故事主要围绕海莉艾塔、库拉耶丝、崔耶拉、莉可和安洁莉卡五位少女展开，她们与辅佐官们共同对抗名为“五共和国派”的恐怖组织。在残酷的战斗中，少女们无法逃脱死亡的命运，展现了她们作为“工具”的悲哀与孤独。