《攻壳机动队 个别的十一人》讲述了2030年的世界，第四次世界大战后，各国政治力量发生剧变。由于战乱不断，难民数量激增，日本为填补劳动力短缺，允许难民入境。然而，一个名为“个别的十一人”的恐怖组织开始发动一系列极端袭击，目标包括难民营、外国领事馆甚至日本总理。难民抵抗运动的新领导人同时也是该组织的神秘前成员引发了关注。公安九课在调查过程中逐渐揭开了令人震惊的真相，发现背后有人在暗中操纵一切。面对日益严峻的恐怖活动和潜在的内战危机，九课能否化解困境，阻止灾难性的冲突？故事在紧张的氛围中展开，探讨了政治、难民危机与人工智能等深刻主题。