《机动战士高达雷霆宙域战线2》的故事发生在一年战争结束七个月后的地球。吉翁公国军的残党组织为了复辟公国体制，继续与地球联邦对抗。战争末期，曾在雷霆宙域全歼摩尔同胞团舰队的高机动精神力扎古驾驶员达利尔·洛伦兹，因失去MS而降下地球，成为残党军的一员，负责针对联邦内部的军阀派系和南洋同盟的谍报任务。与此同时，联邦军的年轻机师伊欧·弗莱明也在执行任务中与达利尔相遇，两人在战场上的对抗逐渐演变为宿命般的对决。随着战争的持续，双方在雷霆宙域展开激烈战斗，战局愈发复杂，达利尔和伊欧的命运也因此交织在一起，揭示了战争背后更深层的矛盾与人性挣扎。