在《EVA新世纪福音战士剧场版：Air/真心为你》中，人类补完计划进入最终阶段。SEELE对NERV总部发动全面进攻，试图夺取控制权。碇真嗣陷入精神崩溃，拒绝驾驶初号机。与此同时，明日香克服心理创伤，独自驾驶二号机迎战量产型EVA部队，最终惨烈战败。绫波丽背叛碇源堂，选择将补完计划的决定权交给真嗣。当全人类化为LCL之海时，真嗣在精神世界中经历了与他人心灵的交融与排斥，最终选择让个体保持独立存在。随着初号机升空，人类以新的形式继续生存，留下真嗣与明日香作为新世界的亚当与夏娃。故事在真嗣掐住明日香脖子的暧昧画面中戛然而止，引发对人际关系本质的深刻思考。