《Macross Plus》的故事发生在2040年，背景设定在伊甸行星。勇·戴森和卡爾德·哥巴·鮑曼是两位天才飞行员，他们从小一起长大，但性格迥异。勇冷静理性，卡爾德则充满激情与冒险精神。两人同时参与了统合军的新一代可变战斗机“YF21”和“YF19”的竞标测试，争夺军方订单。与此同时，他们的童年好友缪芳容已经成为一名成功的音乐制作人，负责为新战机测试提供音乐支持。三人重逢后，过去的矛盾与情感纠葛再度浮现。随着测试的推进，卡爾德逐渐被战斗机的AI系统影响，陷入失控状态，甚至威胁到整个伊甸行星的安全。勇不得不挺身而出，与卡爾德展开最终对决，同时面对自己内心的挣扎与情感的抉择。故事交织着激烈的空战、复杂的感情冲突以及对人性与技术关系的深刻探讨。