《Charlotte》讲述高中生乙坂有宇拥有"夺取他人身体5秒"的特殊能力，一直用这种能力过着作弊的校园生活。某天他遇到了神秘转学生友利奈绪，被揭穿能力后被迫转入星之海学园。这里聚集着许多青春期能力者：能隐身的柚咲、瞬间移动的高城等。随着故事展开，有宇发现能力者会随着使用次数增加而逐渐失去能力甚至生命。在奈绪的引导下，他们开始调查其他能力者，并逐渐揭开能力来源的真相。当有宇的妹妹步未因能力暴走遇难后，他决心用"掠夺"能力拯救所有能力者，独自踏上穿越时空的救赎之旅。这部作品描绘了特殊能力者们交织着欢笑与泪水的青春物语。