《Macross Plus剧场》的故事发生在2040年，讲述了勇·戴森、卡尔德和谬芳容三位从小在伊甸行星一起长大的好友的复杂纠葛。勇与卡尔德以航空事业为职志，而谬则希望成为歌手。然而，高中毕业时的一次意外事件导致三人分道扬镳，谬也因此放弃了歌手的梦想，成为一名商人。多年后，统合军方展开了一项名为“超新星”的计划，旨在开发新一代战斗机。勇和卡尔德分别被选为试飞员，驾驶各自的新型战机。与此同时，谬被邀请为战机的AI系统提供声音，三人再次相遇。随着试飞任务的推进，过去的恩怨与情感逐渐浮出水面，三人之间的矛盾也愈发激烈。最终，他们必须面对过去的伤痛，并在战斗中寻找和解的可能。故事交织了友情、爱情与战争的复杂情感，展现了人类在面对科技与情感冲突时的挣扎与成长。