公元2024年，地球被神秘女性光子率领的军事组织“商贸军团”控制。由于宇宙中黑色彗星碎片等的影响，地球陷入崩溃边缘。在这危急时刻，来自斯瓦恩星的使者美罗降临地球，肩负着地球再生的使命。幸存的人类中，哲郎等人拥有进化生命体达纳赛德的能力，并在美罗的引导下，逐渐转变为能够自由操控DNA记忆并发挥力量的达纳赛特。意识到自己进化过度后，哲郎等人决定为地球的再生踏上通往宇宙的旅程。在旅程的最后阶段，哈尔洛克与阿尔卡迪亚号一同出现，宇宙战舰大和也加入了他们的行列。他们肩负着拯救地球的使命，向着未知的宇宙进发。