《水晶雷公雷的传说》讲述了训练家健太与他的火暴兽四处旅行的故事。在一次偶然的机会中，健太在神奇宝贝中心与青梅竹马玛莉娜重逢，两人决定进行一场神奇宝贝对战。然而，对战尚未开始，天空突然乌云密布，雷电交加。原来，邪恶组织火箭队正在使用一种名为「水晶力场发电系统」的装置捕捉森林中的电气系神奇宝贝。他们的目标是电气系神奇宝贝的守护神——传说中的雷公。雷公的出现打破了火箭队的计划，但雷公对健太却表现出敌意。在电气系神奇宝贝陷入危机之际，健太与雷公的邂逅将揭开一段全新的传说。面对火箭队的顶尖科技，雷公能否成功粉碎他们的阴谋？健太与雷公之间的关系又将如何发展？这段故事将带领观众进入神奇宝贝世界中的一场热血奇幻冒险。