《蓝色计划地球SOS》讲述了在遥远的宇宙深处，来自未知世界的威胁逐渐逼近地球的故事。西历2000年，人类凭借“G反应机关”获得了梦之能源，迎来了科技发展的辉煌时代。在首都メトロポリタン与纽约之间的梦幻子弹列车“闪电号”开通仪式上，三位素不相识的少年比利·其姆拉、贝尼·卡特和罗塔目睹了列车在彩虹色光芒中神秘消失的奇异事件。比利和贝尼开始追查事件的真相，发现世界各地都发生了类似的蒸发事件，而这些事件的真相被掩盖。为了应对即将到来的威胁，联合国秘密成立了地球防卫组织“迷宫机关”。在一次偶然的机会下，比利和贝尼与“迷宫机关”合作，展开了一场与神秘宇宙敌人对抗的科学冒险之旅。